上気道の微生物叢（鼻腔-口腔microbiome軸）（Upper Airway Microbiome / Nasal-Oral Microbiome Axis）

⚠️ 医療者向け研究レビュー。診療判断・医学的助言ではない。基礎研究中心のため確実性は低く、最終判断は一次資料と専門家の評価による。最終更新: 2026-06-04 ／反映論文: 25件／背骨: 小児ENT microbiomeレビュー 2026＋AR鼻腔-口腔軸レビュー 2026 ／未レビュー

サマリ（現時点の到達点）

上気道（鼻腔・鼻咽頭・口腔咽頭）は外環境と宿主免疫が最初に接する界面で、部位ごとに固有の微生物叢(microbiome)をもつ。健康な鼻腔はProteobacteria・Firmicutes・Actinobacteria優位の比較的低多様性な常在菌叢で、保護的常在菌（Dolosigranulum pigrum・Corynebacterium accolens）が病原菌(S. aureus・S. pneumoniae)への定着抵抗(colonization resistance)を担う。C. accolensは宿主脂質を代謝し抗菌性遊離脂肪酸を放出、D. pigrumは上皮バリア強化・Treg誘導に関与し、両者の共優占が上気道感染・中耳炎・慢性炎症リスク低下の指標となる。この菌叢は生後早期に確立され、分娩様式（経腟>帝王切開で多様性高）・母乳・早期抗菌薬・環境曝露が定着軌跡を規定し、early-lifeの鼻腔プロファイルが下気道感染・喘鳴リスクを左右する。均衡が崩れると(dysbiosis)病原菌(S. aureus・H. influenzae・M. catarrhalis・Moraxella等)が増え、上皮バリア破綻・粘液線毛機能低下・Type 2/炎症を介して中耳炎・AR・アデノイド肥大・CRS等のENT疾患を増幅すると考えられている。dysbiosisの撹乱因子として抗菌薬乱用は重要で、ウイルス感染へのエンピリックなアジスロマイシン投与は数日で上気道microbiome組成（病原菌富化・常在菌減少）とMLS耐性遺伝子発現を変化させ中止後も持続する一方、抗炎症利益はない。ただし大半が横断・観察研究で因果性は未確立、ヒト介入エビデンスも乏しく、概念は機序統合の段階にある（基礎中心、確実性low）。

カバレッジ（この知識の確からしさ範囲）

背骨(anchor): 二重アンカー。①PMID:41613132 — 小児ENT microbiomeレビュー(SANRA対象)・2026年・全文精読。構造化検索(PubMed/WoS/Google Scholar/CrossRef, 主に2014–2024)、小児健常〜慢性ENT疾患(OM/AR/AH/CRS)を横断統合。②PMID:42130766 — AR鼻腔-口腔microbiome軸ナラティブレビュー・2026年・全文精読。いずれもLv5・機序統合中心。
反映範囲: 二重アンカーの論点に加え、差分8件で補強。健常microbiome/生後早期定着（小児ENTレビュー・乳児コホート・呼吸器microbiomeレビュー）、疾患別dysbiosis（小児AH 2025・小児AH 2024・CRS 2024・喘息SR 2022）、撹乱因子（アジスロマイシン2026）、上気道-下気道軸（気管支拡張症2025）。中耳炎microbiomeの詳細は otitis-media-microbiome に委譲。
精読深度: 全文精読(full-text)=4件（41613132・42130766・41840216・41075002）。abstract暫定(provisional-abstract)=21件（既存18件＋鼻科バックフィル第3陣3件: 38678223[健常vs慢性呼吸器疾患・全長16S]・38747583[肺移植LTR上下気道差]・38630846[加齢host-microbe・周辺]、全文入手で要再評価）。撹乱因子（アジスロマイシン）はLv3コホート全文精読でconfidence:medium、他は基礎・観察中心で確実性low。
飽和目標: 上気道microbiomeの主要 SR・健康/疾患別コホート（鼻腔・副鼻腔・中耳）・標準化サンプリングの方法論研究、プロバイオティクス/細菌療法の介入RCTをセンチネルとして追加予定。

病態・基礎

健康な上気道microbiomeと定着抵抗

部位別の核常在菌: 16S rRNA解析で鼻腔はActinobacteria・Firmicutes・Proteobacteria（小児ではProteobacteria・Firmicutes・Actinobacteria・Bacteroidetes）優位の低多様性生態系。鼻腔/鼻咽頭の優占属はCorynebacterium・Staphylococcus・Dolosigranulum・Moraxella等。部位差が大きく、鼻咽頭はotopathogen（H. influenzae・M. catarrhalis・S. pneumoniae）の貯蔵庫、前鼻腔はDolosigranulum/Corynebacterium優位、口腔咽頭は嫌気性菌に富む複雑な群集と整理される。サンプリング部位の違いが研究間不一致の主因の一つ。
保護的常在菌（keystone）: Dolosigranulum pigrum はin vitroでS. aureus増殖を阻害し、Corynebacterium（C. pseudodiphtheriticum・C. accolens）と協調してS. pneumoniaeも抑制する。単一菌種ではなくCorynebacterium–Dolosigranulum常在菌群が「定着抵抗ネットワーク」を構成すると整理される。鼻腔プロバイオティクス候補として注目。
保護機序の具体像: C. accolensは宿主由来の皮膚/粘膜脂質を代謝し、抗肺炎球菌・抗S. aureus活性をもつ遊離脂肪酸を放出して競合排除を行う（炎症を惹起せずpathogen定着を制限）。D. pigrumは上皮バリア統合性強化・ムチン制御・抗炎症性サイトカイン低下・Treg誘導に関連。S. epidermidisは抗菌ペプチド産生とニッチ競合でS. aureus定着を阻害する。鼻腔常在菌（Corynebacterium・Dolosigranulum）の高存在量は下気道感染リスク低下とも頑健に相関し、口腔咽頭/肺のPrevotella・Veillonella等の嫌気性菌は下気道免疫を活性化し肺炎転帰改善と関連する（上気道-下気道軸、abstract暫定）。
D. pigrumの相対量は生後〜12か月でピーク（10–20%）に達し思春期に低下するという発達軌跡をもち、アレルギー感作の免疫学的critical windowと時間的に重なる。
pathobiont概念: M. catarrhalisは安定した常在菌叢では無害な常在菌として持続しうるが、ウイルス感染・抗菌薬・競合菌喪失で均衡が崩れると毒性形質（接着因子・毒素・免疫回避）を発現し炎症・バイオフィルム・疾患進展に寄与する。

生後早期の定着（colonization）

確立の動態: 鼻腔microbiomeは出生時に始まり生後2–3年で大きく変化する。経腟分娩は腟叢様microbiota、帝王切開は低多様性で皮膚関連菌優位となり、初期の多様性軌跡と免疫プライミングに影響する。
授乳・環境: 母乳栄養は保護的常在菌（D. pigrum・C. accolens）の発達を支持し上気道感染感受性を低下させる。人工乳は別の軌跡をとる。生後1年の抗菌薬曝露は多様性低下と平衡回復の遅延に関連。同胞・保育所・住居過密は微生物交換と多様性を増す一方、都市汚染・受動喫煙は炎症促進性プロファイルへシフトさせる。
下気道感染リスクとの関連: Wisconsin乳児コホート(24か月、ショットガンメタゲノム)では、下気道感染(LRTI)既往児は人工乳・保育所・喘鳴が多く、鼻腔（口腔ではない）microbiomeがLRTI既往と関連（α多様性低下・Prevotella減少・薬剤耐性株を含むM. catarrhalis増加）。健常由来Prevotellaは生合成遺伝子クラスターが豊富で接触非依存的にM. catarrhalisを阻害し、early-lifeの細菌間競合が病原菌定着を左右することを機能的に示した（abstract暫定）。early-lifeの鼻腔プロファイル（Moraxella/Haemophilus優位＝喘鳴ハイリスク等）が後の呼吸器疾患・鼻炎フェノタイプを予測しうる。
URECA都市部高リスク児コホート（差分・縦断）: 生後12・36か月の鼻腔microbiotaとペア家庭塵を解析し、0–7歳の縦断的呼吸器フェノタイプ（喘鳴・感作・肺機能の潜在クラス）と関連づけた。鼻腔microbiotaは12→36か月で多様性増加（β=2.04, P=.006）、evennessの年齢変化がフェノタイプで有意差（transient wheezeで最大）。12か月時のMoraxella/Haemophilus富化がtransient/high-wheezeと、36か月時のMoraxella優位がatopy関連フェノタイプと特異的に関連。低wheeze/低atopy児が環境と最も多くのtaxaを共有。early-lifeの鼻腔microbiota発達が後年の呼吸器・アトピーフェノタイプと結びつく窓を示す（観察・都市部高リスク児に特化、confidence:low・暫定）。

環境曝露 → dysbiosis（3つの収束パスウェイ）

本レビューは多様な環境因子が以下3経路に収束してdysbiosisとAR感受性を駆動すると概念化する:

上皮バリア破綻: PM2.5・DEPがROSを生成しタイト結合蛋白(ZO-1・occludin・claudin-1)を分解、透過性を亢進させ病原菌定着を許容。
免疫偏倚: DEP（免疫アジュバント、ヒト鼻腔でKLHへのIgE産生を9/15で誘導）・花粉などが樹状細胞をTh2方向に活性化しTreg誘導を抑制。
微生物多様性喪失: 早期抗菌薬(ARリスク OR=3.73, 95%CI 3.06–4.55)・都市化による生物多様性低下が保護的常在菌を減少。農場曝露は逆に保護的（rhinoconjunctivitis aOR≈0.50）。

ARにおける鼻腔dysbiosisの特徴

S. aureus過剰増殖: AR鼻汁でS. aureusが最多(37.69%)、健康者ではS. epidermidis・C. accolens等が優位。S. aureus保菌はHDM感作・症状スコアと関連し、superantigenがTh2サイトカイン産生を促す。
M. catarrhalisの病原性: 上皮傷害(LDH放出)とIL-8/IL-33誘導が他の常在菌より強く、Moraxella優位プロファイルは呼吸器疾患リスク・喘息増悪と関連。
保護的常在菌の減少: D. pigrum・Corynebacterium・Moraxellaの減少と「口腔系」菌(Neisseria・Veillonella・Streptococcus)の増加が重症呼吸器疾患で観察。
α多様性は論争中: 研究間で増加・減少・不変と一致しない。共通するのは健康者と「異なる菌組成(β多様性)」を示す点。方法論的異質性（サンプリング部位・16S可変領域V1-V2/V3-V4/V4・解析パイプライン・年齢・感作・重症度）が不一致の主因。

疾患別の上気道菌組成

小児ENT横断統合は（全文精読）、各疾患の一次研究は下記。confidence表記に注意。

中耳炎(OM): 中耳炎は前鼻腔/口腔よりも鼻咽頭microbiotaの変化と最も強く関連。鼻咽頭はotopathogen（H. influenzae・M. catarrhalis・S. pneumoniae）の貯蔵庫で、これらが耳管経由で中耳へ上行する。健常児鼻咽頭はCorynebacterium・Dolosigranulumが優位でOM罹患低下と関連、反復OM/OMEでは多様性低下とotopathogen増加。Alloiococcus otitidis・Turicella otitidisが（バイオフィルム存在下で）中耳炎症に関与する可能性。詳細は中耳炎と微生物叢に委譲。
小児アデノイド・口蓋扁桃肥大(AH/TH): 小児ENTレビューでは、AH児はα多様性低下とpathobiont（H. influenzae・S. pneumoniae・M. catarrhalis）増加。扁桃肥大ではHaemophilus・Streptococcus・Neisseria・Capnocytophaga等が富化し、Haemophilus/Neisseria優占型はTH特異的。一次研究（中国単施設 case-control、健常36・AH40、16S V3-V4、全文精読）では、AH児鼻腔は健常とβ多様性で明確に分離（α多様性は不変）し、Alloiococcus・Moraxella・Streptococcus・Bacteroides がAH群で富化して術後に減少。MoraxellaとBacteroidesは鼻腔・肥大アデノイド組織双方で富化しMoraxellaをバイオマーカー候補とする。予測機能ではAH群で炭素/窒素代謝・走化性・チロシン/メラトニン生合成が低下し、アデノイド切除後に健常側へ回復した。別の小児研究では咽頭・鼻腔microbiotaが互いに類似し、健康児比で Rothia・Granulicatella・Streptococcus・Neisseria・Haemophilus が増加、Corynebacterium・Pseudomonas・Acinetobacter・Moraxella が減少（abstract暫定）。

注: AH一次研究の鼻腔優占属（Sphingobium・Pseudomonas等の環境/土壌系菌）は他研究の典型（Corynebacterium/Dolosigranulum）と乖離しており、サンプリング/汚染/解析パイプラインの影響が疑われる（方法論的異質性の一例）。
慢性副鼻腔炎(CRS): 小児CRSでは多様性の偏りとS. aureus・Corynebacterium tuberculostearicum・Prevotella・Fusobacterium等の炎症/バイオフィルム関連菌増加、保護的常在菌（Dolosigranulum・C. accolens）減少。副鼻腔microbiotaはStaphylococcus・Corynebacterium優位で、H. influenzae等の病原菌はCRS患者でより高い相対量を示す（abstract暫定）。詳細は慢性副鼻腔炎に委譲。
喘息: 上気道dysbiosisと喘息が関連。小児喘息では Proteobacteria・Firmicutes が増加し Moraxella・Streptococcus・Haemophilus が優占、鼻腔 Streptococcus 定着は5歳時喘鳴と関連(p=0.04)。成人喘息では Proteobacteria 増・Corynebacterium 鼻腔定着の低下。α多様性は若年の喘鳴・喘息児で高く、鼻炎/ダニ感作合併で低いなど年齢・併存で不一致（観察研究17件のSR、abstract暫定）。
健常 vs 慢性呼吸器疾患の鼻腔菌叢（差分・横断97例）: リトアニア97例で鼻・鼻咽頭・BALFを全長16S rRNA(Oxford Nanopore)で解析し、鼻腔microbiomeが上気道全体をよく代表すること、慢性呼吸器疾患患者の鼻腔では日和見病原菌が富化し疾患の指標候補となることを示した。健常鼻腔には植物・蜂関連菌種が含まれ、曝露によるmicrobiota富化（プロバイオ）の仮説的候補と提案（横断・疾患群混合・因果不明、confidence:low・暫定）。全長16Sで種解像度を高めた点が手法的に既存の方法論議論と整合する。
鼻副鼻腔腫瘍（差分・横断70例）: 炎症性疾患でのdysbiosisは既知だが、腫瘍関連の鼻腔microbiota変化を初めて特徴づけた。悪性腫瘍(MT 23)・良性腫瘍(BT 15)とも対照(32)より有意に多様性が低く組成も異なり、有益菌減少・病原菌増加の明確なdysbiosisを示す。MTはFirmicutes増・Actinobacteria減、proinflammatory taxa上昇・keystone有益菌減少。BTとMTは類似するが、MTでAlcaligenes多・Corynebacterium少。dysbiosisが腫瘍発生寄与か二次効果かは未決（横断・因果不明、confidence:low・暫定）。dysbiosisの疾患スペクトラムを腫瘍領域へ拡張する所見。

撹乱因子（dysbiosisを駆動する外的因子）

抗菌薬（マクロライド）: COVID-19入院成人1,164例の多施設前向きコホート（鼻スワブのメタトランスクリプトミクス、全文精読）で、ウイルス感染へのエンピリックなアジスロマイシン投与が上気道microbiomeを撹乱。5±1日で細菌相対量低下（FC=0.82）・真菌増加（1±1日 FC=1.17）、β多様性変化（PERMANOVA P=0.001）、Staphylococcus・Klebsiella等の病原菌富化とNeisseria・Fusobacterium等常在菌減少。MLS（マクロライド/リンコサミド/ストレプトグラミン）耐性遺伝子の発現数が増加し、resistomeに占めるMLS割合は24.5%→42.9%へ上昇（Padj=1.7×10⁻⁴）、中止後7–10日でも持続。一方、気道・血液の宿主炎症遺伝子発現とSARS-CoV-2量に差はなく、抗炎症利益はなかった[PMID:41840216, confidence:medium]。→ ウイルス感染への安易なマクロライド投与は上気道dysbiosisと耐性化を駆動し、抗菌薬スチュワードシップの根拠となる。
喫煙（差分・縦断多部位コホート）: 禁煙者を前鼻腔・口腔咽頭・BALで縦断追跡した初の時系列・多コンパートメント解析（vs never-smoker）で、喫煙は部位特異的に鼻microbiomeを撹乱（鼻richness増・肺richness/コア菌減）。短期禁煙(6週)は軽微な変化のみだが、長期禁煙(1年)で鼻・肺microbiomeが部分回復する。Haemophilus・Prevotella_7は持続的に変化（残存効果）、喫煙はネットワーク連結性を低下させ禁煙で部分回復。回復軌跡は高度に個別化（肺=決定論的・上気道=確率論的）。喫煙を上気道dysbiosisの撹乱因子と位置づける縦断的証拠 [PMID:41928236, confidence:medium・暫定]。→ microbiome介入は部位・個人特異的設計が必要。
その他: 早期抗菌薬（ARリスク OR=3.73）・都市化/大気汚染（PM2.5・DEP）・受動喫煙・生物多様性喪失が保護的常在菌を減らしdysbiosisを促す。農場曝露は逆に保護的。鼻腔はMRSA等のAMR貯蔵庫で、保護的常在菌減少がpathogen過増殖・耐性遺伝子の水平伝播を助長する。
加齢という宿主因子（周辺・大規模多施設）: COVID-19入院1031例(18–96歳・ワクチン未接種)の血液＋上気道(鼻)のhost-microbeマルチオミクスで、加齢が上気道のI型IFN上昇・ウイルスクリアランス遅延・炎症消退障害と関連すると示された。上気道を宿主-微生物界面として評価した大規模研究という文脈的価値はあるが、報告の主結果は宿主免疫の加齢変化で鼻microbiome組成の具体的所見はアブストラクトでは限定的（全文で要確認）。加齢を上気道dysbiosis/免疫の宿主修飾因子として位置づける周辺的根拠（観察・COVID特定病態に限定、confidence:low・暫定）。
全身代謝疾患（糖尿病・周辺）: 糖尿病(特に2型)は鼻科学的にCRSwNP感受性を高め、鼻副鼻腔microbiomeをグラム陰性菌優位へシフトさせると整理される（嗅覚障害・粘液線毛クリアランス遅延も増加）。代謝疾患を上気道dysbiosisの撹乱因子として位置づける周辺的根拠だが、microbiome変化の定量性はナラティブレビューで乏しい（糖尿病周辺・confidence:low・暫定）。

口腔-鼻腔-肺軸（共通粘膜免疫系 CMIS）

口腔は呼吸器への入口で700種超の細菌を擁する。口腔菌はmicroaspirationで下気道に移行しうる。
上気道→下気道軸の臨床的支持: 上気道microbiomeは下気道microbiomeを形作るとされる。気管支拡張症344例の多施設コホート（鼻咽頭スワブ、abstract暫定）では、鼻咽頭dysbiosis（Pseudomonas/Haemophilus/Staphylococcus相対量>10%）が疾患重症度・重症増悪と関連し、α多様性は重症度で有意差（P=0.002）、β多様性も重症度・増悪で異なるプロファイル。鼻咽頭dysbiosis群はより重い症状・鼻上皮生検での上皮破綻・1年での重症増悪が多く、Pseudomonasが重症増悪と関連（喀痰P. aeruginosaと相関）。microbiomeはベースラインと1年後で比較的安定。鼻腔常在菌（Corynebacterium・Dolosigranulum）高存在量が下気道感染リスク低下と相関する点も上気道-下気道軸を支持。
上下気道差はサンプリング部位由来（差分・肺移植LTR 17例）: 肺移植早期術後患者(LTR)17例で鼻スワブ(NS)とBALFをペア採取して16Sで比較すると、両者はShannon・β多様性で有意差（NS=Corynebacterium/Acinetobacter/Pseudomonas多、BALF=Ralstonia/Stenotrophomonas/Enterococcus/Pedobacter多）。重要な点として被験者内差＞被験者間差＝上下気道の違いは個体差ではなく主にサンプリング部位に由来し、両試料とも病原菌が高レベルで移植肺の病態を反映した。上下気道軸を部位特異性の観点から補強するが、移植後・免疫抑制下の極小特殊集団で一般化は限定的（横断・対照なし、confidence:low・暫定）。
上下気道間の細菌移行は限定的（差分・慎重な対比）: 一方で、CRS患者29例（解析23例）で副鼻腔・気管支ブラシをペア採取して直接比較すると、副鼻腔は気管支よりα多様性が有意に高く（Shannon/Faith, p<0.001）、β多様性も異なりペア試料はクラスタリングしなかった（副鼻腔=Lawsonella/Corynebacterium/Staphylococcus多・気管支=Tropheryma/Sphingomonas富化, FDR p<0.01）。著者はCRSでの副鼻腔→下気道への細菌移行は起こりにくいと結論し、united airwayの連続性を限定する（喘息併存CRSでは副鼻腔Pseudomonas/Peptoniphilus増・気管支Prevotella減）。上気道-下気道軸の慎重な解釈を促す対比知見（小規模・横断、confidence:low・暫定）。
病原性: P. gingivalisのgingipainがMUC5AC分解・TLR2/NF-κB活性化・IL-6/IL-8誘導。F. nucleatumはMMP9/12を上昇させ組織リモデリングに関与（ただしCOPD/肺炎モデル由来でAR鼻腔の直接証拠は欠如）。
保護性: S. salivarius K12はNF-κB(P65)核移行を阻害しIL-8を抑制、salivaricin A2/Bを産生。硝酸還元菌はNO産生を介し血管・粘膜トーンを調節。

dysbiosis→アレルギー炎症をつなぐ機序

代謝物: SCFA(酪酸・プロピオン酸・酢酸)はGPR41/43・HDAC阻害でTreg分化を促進しType 2炎症を抑制。トリプトファン由来indole誘導体はAhRを介し上皮バリア強化・NLRP3抑制。
免疫調節異常: dysbiosis→alarmin(TSLP/IL-25/IL-33)放出→ILC2活性化・Th2偏倚・Treg/Th17不均衡。S. aureus δ-toxinは肥満細胞脱顆粒を誘導。
神経免疫: 感覚神経のTRPV1/TRPA1活性化→substance P・CGRP放出→神経原性炎症（血管拡張・くしゃみ反射閾値低下）。ただしTRPA1のAR鼻腔での関与は間接的証拠にとどまる。
B細胞側の感作機序（周辺）: 上気道感作のB細胞レビューでは、鼻粘膜がバリア兼免疫部位として機能し、上皮がPRRでアレルゲンを感知してアラーミン(IL-25/IL-33/TSLP)を放出しType 2炎症を誘導、局所IgE産生・異所性胚中心が粘膜免疫を増強すると整理される。鼻microbiomeは免疫応答に影響しうるがアトピーでの役割は依然不明と明記され、microbiome-免疫連関の不確実性を支持する（B細胞免疫が主題で本トピックには周辺的、confidence:low・暫定）。
ムチンMUC1（周辺）: 膜結合型ムチンMUC1は上皮バリア・免疫調節を担い、Th1ではTLR-NF-κBを負に制御、Th2では好酸球生存/グルココルチコイド感受性を修飾、Th17(IL-17A/IL-22高値)炎症ではMUC1がmicrobiome dysbiosisに影響しうる。ただし上気道でのMUC1機能・制御機序は著者自身が未解明とする。バリア/ムチン側の分子を dysbiosis 機序に加える周辺的視点（statement-level・本トピックには周辺的、confidence:low・暫定）。

診断

確立した臨床的microbiomeバイオマーカーは存在しない。
研究段階の候補: S. aureus優位dysbiosisパターン、16S＋血清メタボロミクス統合（ランダムフォレスト等のML分類）、early-lifeの鼻腔プロファイル（Moraxella/Haemophilus優位＝喘鳴ハイリスク等）による発症予測。
標準化の障壁: サンプリング部位・配列プラットフォーム・解析パイプラインの差で研究間比較が困難。標準サンプリング基準・最低配列深度(≥10,000 reads)・共有ワークフローの確立が必須とされる。サンプリング法の差も結果を左右する: CF児で鼻スワブ(NS)と鼻洗浄(NL)を同時採取・比較すると、NSはNLよりα多様性・evennessが有意に低くStaphylococcus定着が顕著で、NL microbiomeのみが鼻副鼻腔炎症（サイトカイン・好中球エラスターゼ）とよく相関（NLでのMoraxella検出が炎症増強と関連）。サンプリング法が菌叢と炎症の相関に影響し、NLが菌叢-炎症同時評価に適すると示され、研究間不一致の方法論的一因を実証する（CF児36例・横断、confidence:low・暫定）。
解析手法の選択（メタゲノム vs メタタクソノミクス）: 副鼻腔microbiomeの解析では、ロングリードのメタゲノムシークエンスが最良手法とされ、16S rRNAシークエンス（ロング/ショート両方）はPCR増幅バイアスにより副鼻腔microbiome組成を有意に歪めると指摘される。本トピックの記述が16S偏重研究に依拠している点（研究間不一致の一因）への方法論的警鐘であり、今後の標準化はロングリードメタゲノムを志向すべきとの提言（expert-opinion/Lv.5/confidence:medium/abstract暫定）。

治療

確立した上気道microbiome標的治療はない。
鼻腔プロバイオティクス: 季節性AR 24例のランダム化プラセボ対照クロスオーバー試験で、主要評価項目(Mini-RQLQ・TNSS・PNIF・FeNO)はプラセボと有意差なし（安全性は良好）。Phase III鼻腔microbiome介入試験は存在しない。
上気道到達型プロバイオRCT（差分・陽性寄り）: 上記の陰性RCTに対し、季節性AR 64例の二重盲検RCTでは、モデル株 L. rhamnosus GG を徐放性チュアブル錠で投与すると上気道へtrafficking（口腔咽頭77% P=0.02・鼻咽頭41% P<0.0001）し、一過性engraftmentに伴い鼻IL-13(P<0.0001)・唾液IL-4(P<0.05)が局所低下、草花粉曝露下の自己申告AR症状をプラセボより制御した。経口プロバイオを「鼻への到達」まで追跡した概念実証で、鼻microbiome標的の局所介入が局所Th2サイトカインを抑えうることを示す（per-protocol解析・効果は一過性・産業資金の一部関与、confidence:medium・abstract暫定）。
経口プロバイオティクス: 28研究のメタ解析でRQLQ・Th1/Th2比のわずかな改善（総IgEには影響なし）が報告されるが、菌株・用量・集団の異質性が大きく一般化は困難。菌株特異性が高く外挿不可。
その他の候補: プレバイオティクス(GOS/FOS/inulin)、ポストバイオティクス(SCFA)、細菌溶解物(OM-85)、IL-10分泌操作菌(L. lactis)、FMT。いずれも前臨床〜初期段階で、鼻腔の高い粘液線毛クリアランスによる定着困難・操作菌の安全性（水平伝播・免疫不全宿主）が翻訳の障壁。

予後・経過

上気道microbiomeは発達依存（D. pigrumは乳幼児期にピーク・思春期に低下、S. aureus保菌は加齢で増加、M. catarrhalisは幼児期に多い）。
early-lifeの鼻腔プロファイルが後の呼吸器疾患・鼻炎フェノタイプを予測しうるとのコホート知見（GUSTO・URECA等）があるが、自然経過の確たる予後因子は未確立。

データの根拠と限界（カバレッジ）

全文精読(4件): 41613132（小児ENT microbiomeレビュー・2026、SANRA対象・Lv5）／42130766（AR鼻腔-口腔microbiome軸レビュー・2026、SANRA対象・Lv5）／41840216（アジスロマイシンと上気道microbiome/resistome COVID-19コホート・2026、ROBINS-I some-concerns・Lv3、confidence:medium）／41075002（小児AH鼻腔microbiota case-control・2025、ROBINS-I some-concerns・Lv4）。
abstract暫定(21件): 38277901・39547283・40938736・39248478・39860975・35966153・40444400・40891819（鼻腔プロバイオRCT・confidence:medium）・41578632・41598409・41103006・41107577（4件は周辺的に軽く反映）・41928236（喫煙の縦断・confidence:medium）・41717863（腫瘍dysbiosis）・38423369（URECAコホート）・38199892（サンプリング法）・38343306（上下気道移行否定）・41376717（airway-brain軸・周辺）・38678223（健常vs慢性呼吸器疾患・全長16S）・38747583（肺移植LTR上下気道差）・38630846（加齢host-microbe・周辺）（全文入手で要再評価）。
限界: 背骨2件は基礎・機序統合レビューで、機序の多くがin vitro/動物または asthma/COPD/AD 由来データの外挿に依存。一次研究も横断/観察中心で因果未確立、16S偏重で種解像度・機能解像度が低い。地理的偏り（北米/西欧中心）。記述全体の確実性はlow（撹乱因子のアジスロマイシンのみmedium）。プロバイオティクス/細菌療法のヒト介入RCT・標準化方法論研究は引き続き不足。次回スキャンで差分を補強。

更新履歴

2026-06-04（鼻科バックフィル第3陣）: 2024の3本を反映（paper_count 22→25、全てabstract暫定）。疾患別組成に健常vs慢性呼吸器疾患の全長16S(Nanopore)解析(鼻腔=上気道代表・病原菌富化)、口腔-鼻腔-肺軸に肺移植LTR 17例の上下気道差=サンプリング部位由来、撹乱因子に加齢という宿主因子(COVID host-microbe 1031例・microbiome所見は限定的)[PMID:38630846,周辺]を追加。背骨2件は維持。
2026-06-04（鼻科バックフィル第2陣）: 2022–2026の6本を反映（paper_count 16→22、全てabstract暫定）。撹乱因子に禁煙後の鼻microbiome部位特異的撹乱・部分回復の縦断多部位コホート[PMID:41928236,confidence:medium]、疾患別組成に鼻副鼻腔腫瘍の関連dysbiosis(MTでFirmicutes増/Actinobacteria減)、生後早期定着にURECAコホートの早期鼻腔microbiotaとフェノタイプ関連、診断(標準化)にサンプリング法影響(NL>NSが炎症反映)、口腔-鼻腔-肺軸にCRSの上下気道移行否定、未解決論点にmicrobiota-airway-brain軸[PMID:41376717,周辺]を追加。背骨2件は維持。
2026-06-04（第48波・鼻科新着）: 2025–2026新着5本を反映（paper_count 11→16、全てabstract暫定）。治療に上気道到達型プロバイオRCT(LGGチュアブルが鼻へtrafficking・鼻IL-13/唾液IL-4低下・症状制御、n=64)[PMID:40891819,confidence:medium]を陽性寄りの新知見として追加。周辺4件を周辺明示で軽く反映: B細胞感作レビュー(microbiomeのアトピー役割は依然不明)・MUC1ムチン(Th17でdysbiosisに影響しうる)を機序節に、糖尿病鼻(microbiomeのグラム陰性菌優位シフト)を撹乱因子に、PCD(microbiomeプロファイリングが将来必要)を未解決論点に追加。なお犬の嗅覚レビューはヒト鼻科病態と無関係のためscope外として却下（に記録、本文非反映）。背骨2件は維持。
2026-06-04（横断スイープ）: 副鼻腔microbiome解析の方法論短報を「診断（標準化の障壁）」節に反映。ロングリードメタゲノムが最良・16SはPCR増幅バイアスで歪む、という手法選択の提言。confidence:medium・abstract暫定。paper_count 10→11。
2026-06-03: 差分6件を反映（paper_count 4→10）。小児ENT microbiomeレビュー[PMID:41613132,全文精読]を第2アンカーに設定（二重アンカー化）。「生後早期の定着」節と「撹乱因子」節を新設。健常microbiomeの保護機序（C. accolens脂質代謝・D. pigrumバリア/Treg）・部位差・pathobiont概念を補強、上気道-下気道軸を追加[PMID:38277901,40938736]。生後早期定着とLRTIリスク、小児AHのMoraxella富化と術後回復[PMID:41075002,全文精読]、アジスロマイシンによるmicrobiome/resistome撹乱[PMID:41840216,全文精読,confidence:medium]を追記。中耳炎/CRSは関連トピックへ委譲を明記。
2026-06-02: 差分3件をabstract暫定で反映。「疾患別の上気道菌組成」節を新設し、小児AHの咽頭・鼻腔dysbiosis・CRSの副鼻腔菌組成・喘息関連dysbiosisと年齢依存的α多様性を追記（paper_count 1→4、いずれもconfidence:low/provisional）。
2026-06-01: 初版作成。AR鼻腔-口腔microbiome軸レビューを背骨に、健康鼻腔の定着抵抗・ARでのdysbiosis（S. aureus過剰増殖・保護的常在菌減少）・口腔-鼻腔-肺軸・代謝物/alarmin/神経免疫機序・臨床応用の現状を confidence:low で反映。

参照論文

— 統合: ARにおける鼻腔-口腔microbiome軸（環境曝露→dysbiosis→上皮バリア破綻/Type 2炎症）の機序整理。健康鼻腔の定着抵抗、ARのS. aureus優位dysbiosis、口腔-鼻腔-肺軸、microbiome標的治療の現状（ヒトRCTは未確立）を提示 (Li 2026, Front Allergy / narrative-review / Lv.5 / RoB:high(SANRA) / confidence:low)
— 統合: 小児アデノイド・口蓋扁桃肥大(AH)の咽頭・鼻腔microbiotaを健康児比で記述（Rothia/Granulicatella/Streptococcus/Neisseria/Haemophilus増、Corynebacterium/Moraxella等減）。咽頭と鼻腔の菌叢が類似 (Del Chierico 2024, Microbiol Spectr / rct / Lv.2 / RoB:some-concerns(RoB2) / confidence:low / provisional-abstract)
— 統合: 慢性副鼻腔炎(CRS)の副鼻腔microbiota（Staphylococcus/Corynebacterium優位、H. influenzae等病原菌の相対増加）と健康/疾患の区別・keystone種を整理 (de Mezer 2024, Pathogens / narrative-review / Lv.5 / RoB:high(SANRA) / confidence:low / provisional-abstract)
— 統合: 上気道細菌microbiotaと喘息の関連SR(17研究)。小児はProteobacteria/Firmicutes増・Moraxella/Streptococcus/Haemophilus優占・鼻腔Streptococcusと5歳時喘鳴の関連、成人はProteobacteria増・Corynebacterium減。α多様性は年齢・併存で不一致 (Losol 2022, Asia Pac Allergy / sr-ma / Lv.3 / RoB:some-concerns(AMSTAR-2) / confidence:low / provisional-abstract)
— 統合(第2アンカー): 小児（出生〜18歳）の鼻腔/鼻咽頭microbiomeを健常〜慢性ENT疾患(OM/AR/AH/CRS)で横断統合。健常の保護的常在菌(D. pigrum/C. accolens)の機序、生後早期定着(分娩/母乳/抗菌薬)、疾患別dysbiosis、virome/mycobiome/resistome、将来のバイオマーカー/治療を整理 (Sîrbu 2026, Front Immunol / narrative-review / Lv.5 / RoB:high(SANRA) / confidence:low / full-text)
— 統合: COVID-19入院成人1,164例コホート。エンピリックなアジスロマイシン投与が上気道microbiome組成(病原菌富化・常在菌減少)とMLS resistome(24.5→42.9%、中止後も持続)を数日で変化させる一方、抗炎症利益なし。撹乱因子の代表例 (Glascock 2026, Nat Microbiol / cohort / Lv.3 / RoB:some-concerns(ROBINS-I) / confidence:medium / full-text)
— 統合: 小児AH鼻腔microbiota case-control(健常36/AH40、16S)。AHでAlloiococcus/Moraxella/Streptococcus/Bacteroides富化(術後減少)、Moraxellaを鼻腔・アデノイド双方で富化するバイオマーカー候補に。予測機能(チロシン/メラトニン代謝)も術後に健常側へ回復 (Jiang & Ye 2025, Appl Microbiol Biotechnol / case-control / Lv.4 / RoB:some-concerns(ROBINS-I) / confidence:low / full-text)
— 統合: Wisconsin乳児コホート(24か月、ショットガン)。鼻腔(口腔でなく)microbiomeがLRTI既往と関連(α多様性低下・Prevotella減少・M. catarrhalis増加)、健常由来Prevotellaが接触非依存的にM. catarrhalisを阻害。生後早期定着と下気道感染感受性 (Zelasko 2025, J Allergy Clin Immunol / cohort / Lv.4 / RoB:some-concerns(ROBINS-I) / confidence:low / provisional-abstract)
— 統合: 気管支拡張症344例コホート。鼻咽頭dysbiosis(Pseudomonas/Haemophilus/Staphylococcus>10%)が疾患重症度・重症増悪・鼻上皮破綻・1年後増悪と関連。上気道→下気道軸を臨床的に支持 (Choi 2025, Am J Respir Crit Care Med / cohort / Lv.3 / RoB:some-concerns(ROBINS-I) / confidence:low / provisional-abstract)
— 統合: 呼吸器microbiomeの細菌性肺炎防御レビュー。鼻腔Corynebacterium/Dolosigranulumが肺病原菌に直接影響し上気道高存在量が下気道感染リスク低下と相関、口腔咽頭/肺のPrevotella/Veillonellaが下気道免疫を活性化 (Drigot 2024, Curr Opin Microbiol / narrative-review / Lv.5 / RoB:high(SANRA) / confidence:low / provisional-abstract)
— 方法論: 副鼻腔microbiome解析はロングリードメタゲノムが最良、16S rRNA(ロング/ショート)はPCR増幅バイアスで組成を歪める (Burdon 2025, Int Forum Allergy Rhinol / expert-opinion / Lv.5 / confidence:medium / provisional-abstract)
— 治療: 季節性AR 64例RCT。L. rhamnosus GGチュアブルが上気道へtrafficking(鼻咽頭41%)、鼻IL-13/唾液IL-4を局所低下、花粉誘発症状を制御。鼻microbiome標的局所介入の概念実証 (De Boeck 2025, Microbiol Spectr / rct / Lv.2 / RoB2 / RoB:some-concerns / confidence:medium / provisional-abstract)
— 機序(周辺): 上気道感作のB細胞側レビュー。上皮アラーミン(IL-25/33/TSLP)・局所IgE産生を整理、鼻microbiomeのアトピーでの役割は依然不明と明記 (Grimsholm 2026, Allergy / narrative-review / Lv.5 / SANRA / RoB:high / confidence:low / 周辺・暫定)
— 撹乱因子(周辺): 糖尿病の鼻科学的関与レビュー。2型DMがCRSwNP感受性を高め鼻副鼻腔microbiomeをグラム陰性菌優位へシフト (Passali 2026, J Clin Med / narrative-review / Lv.5 / SANRA / RoB:high / confidence:low / 周辺・暫定)
— 未解決論点(周辺): PCDの鼻副鼻腔病変レビュー。線毛機能不全→粘液線毛クリアランス障害→慢性鼻副鼻腔疾患、microbiomeプロファイリングが将来必要 (Erdem Eralp 2026, Expert Rev Respir Med / narrative-review / Lv.5 / SANRA / RoB:high / confidence:low / 周辺・暫定)
— 機序(周辺): MUC1の上下気道エンドタイプ横断レビュー。Th17炎症でMUC1がmicrobiome dysbiosisに影響しうる、上気道での機能は未解明 (Meng 2025, Inflamm Res / narrative-review / Lv.5 / SANRA / RoB:high / confidence:low / 周辺・暫定)
— 撹乱因子: 禁煙後の呼吸器microbiome縦断多部位コホート(鼻/口腔咽頭/BAL)。喫煙は部位特異的に鼻microbiomeを撹乱(鼻richness増)、長期禁煙(1年)で部分回復、Haemophilus/Prevotella残存 (Gschwendtner 2026, Respir Res / cohort / Lv.4 / ROBINS-I / RoB:some-concerns / confidence:medium / provisional-abstract)
— 疾患別組成: 鼻副鼻腔腫瘍70例の鼻腔microbiota。悪性/良性とも対照より多様性低下・dysbiosis、MTでFirmicutes増/Actinobacteria減・proinflammatory taxa上昇。初の腫瘍別比較 (Patel 2026, Int Forum Allergy Rhinol / cohort / Lv.4 / ROBINS-I / RoB:some-concerns / confidence:low / provisional-abstract)
— 生後早期定着: URECA都市部高リスク児コホート。早期鼻腔microbiota(Moraxella/Haemophilus優位)が0–7歳の縦断的喘鳴・atopyフェノタイプと関連 (McCauley 2024, J Allergy Clin Immunol / cohort / Lv.4 / ROBINS-I / RoB:some-concerns / confidence:low / provisional-abstract)
— 診断(標準化): CF児で鼻洗浄(NL)microbiomeのみが鼻副鼻腔炎症と相関、鼻スワブ(NS)は低多様性・Staphylococcus定着。サンプリング法が結果を左右 (Chung 2024, J Cyst Fibros / cohort / Lv.4 / ROBINS-I / RoB:some-concerns / confidence:low / provisional-abstract)
— 上下気道軸: CRS患者29例で副鼻腔・気管支ブラシをペア比較。両者が大きく異なり副鼻腔→下気道の細菌移行は起こりにくい。united airwayの連続性を限定 (Hernaiz-Leonardo 2024, Int Forum Allergy Rhinol / cohort / Lv.4 / ROBINS-I / RoB:some-concerns / confidence:low / provisional-abstract)
— 未解決論点(周辺): 気道感覚系を介したmicrobiota-airway-brain軸を提唱。鼻・肺microbiotaを脳機能/気分の潜在的影響因子と位置づけ、ヒト因果は仮説段階 (Mann-Nüttel 2025, Front Cell Neurosci / narrative-review / Lv.5 / SANRA / RoB:high / confidence:low / 周辺・暫定)
— 疾患別組成/手法: 健常＋慢性呼吸器疾患97例の鼻・鼻咽頭・BALFを全長16S(Nanopore)解析。鼻腔microbiomeが上気道を代表、患者鼻腔で日和見病原菌富化(指標候補)、健常鼻腔に植物/蜂関連菌 (Konovalovas 2024, BMC Microbiol / cohort / Lv.4 / ROBINS-I / RoB:some-concerns / confidence:low / provisional-abstract)
— 上下気道軸: 肺移植早期術後LTR 17例で鼻スワブ/BALFをペア16S比較。上下気道差は被験者内＞被験者間＝主にサンプリング部位由来、両試料とも病原菌高レベル (Li 2024, Microbiol Spectr / cohort / Lv.4 / ROBINS-I / RoB:high / confidence:low / provisional-abstract)
— 撹乱因子(周辺): COVID-19入院1031例の血液＋上気道host-microbeマルチオミクス。加齢が上気道I型IFN上昇・ウイルスクリアランス遅延・炎症消退障害と関連。microbiome組成所見はアブストラクトでは限定的 (Phan 2024, Sci Transl Med / cohort / Lv.4 / ROBINS-I / RoB:some-concerns / confidence:low / 周辺・暫定)

— scope外・却下: イヌの嗅覚レビュー(解剖・神経生物・育種)。microbiome言及はイヌの探知作業文脈でヒト鼻科病態と無関係 (Kowalczyk-Jabłońska 2026, Animals / narrative-review / 本文非反映)

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